Annie 1930’lu yıllarda, Bayan Hannigan adında gaddar bir kadın tarafından idare edilen berbat bir yetimhanede yaşayan bir kız çocuğudur. Tek hayali yetimhaneden kaçıp, orayı terk etmektir. Yetimhanedeki diğer çocuklar arasından, Oliver Warbucks isimli zengin bir iş adamının malikanesinde birkaç gün geçirmek için seçilince dünyası bir anda değişir. Kısa sürede malikanedeki herkesin kalbini kazanan Annie, soğuk görünümlü Warbucks’ın gönlünü yumuşatır. Warbucks, Annie’nin kayıp ailesini bulmak için ona yardım etmeye karar verir; ortaya çıktıkları takdirde ödüllendirileceklerini ilan eder. Fakat Bayan Hannigan ve kötü erkek kardeşi Rooster, ödülü almak için ortaya çıkan aileyi kaçırmayı planlarlar…