Yakın gelecekte, wired adı verilen ağ bugünkü internetten bir adım öne geçerek insanların hayatının ayrılmaz bir parçası haline gelmiştir. Wired erişimi NAVI adı verilen güçlü bilgisayar sistemleri ile gerçekleştirilmektedir. Wireda bağlı insanlar, zamanlarının büyük bir kısmını ağdaki sanal yaşantılarına ayırmaktadırlar.

Orta okul öğrencisi Lain Iwakura, babası bilgisayar sektöründe olmasına rağmen wireddan uzak bir yaşam sürmektedir. Günün birinde, Lain’in sınıf arkadaşı Chisa intihar eder. Chisa’nın trajik ölümünün ardından Lain ve tüm sınıf arkadaşları Chisa’dan garip bir elektronik posta alırlar. Chisa metinde, yalnızca bedeninin öldüğünü, bilincinin wiredda yaşadığını söylemektedir. Sınıf arkadaşları, olayı garip bir şaka olarak değerlendirip hayatlarına devam ederler. Ancak, Lain’in wireda olan ilgisi yavaş yavaş artar ve NAVIsinde daha fazla zaman geçirmeye başlar. Lain’in gerçek hayat ile olan bağı zayıfladıkça bilinen gerçeklikte zamansal ve mekansal kırılmalar meydana gelir.