Yakın gelecekte, insanoğlu Gastrea adında parazitler tarafından yenilgiye uğratılmıştır. Umutsuzluk içinde, terör ile yan yana, küçük bölgelere sürgün edilmişlerdir.

Bu karanlık dünyada, Tokyo’ya yakın bir yerde yaşayan ve Sivil Güvenliğe, Gastrea’lara karşı özel savaş eğitimi verilen bir organizasyon, üye Rentaro, tehlikeli görevleri yerine getirmektedir. Partneri Enju, vaktinden önce büyümüş genç bir kız. Ayrıcalıklı güçleri ile savaşlarına devam ederlerken bir gün, devletten özel bir görev alırlar. Bu çok gizli görevin amacı Tokyo’nun yok olmasını önlemektir.