Yıllar önce, okul binasındaki tüm hayaletler belli bir öğrenci tarafından sürüldü. Şimdiyse geri göndüler ve intikam istiyorlar… Satsuki ve Keiichirou Miyanoshita, annelerinin trajik kaybının ardından iyileşmeye çalışan iki kardeştir. Annelerinin memleketine taşındıklarında transfer oldukları yerel okulun hem eski hem de perili olduğunu öğrenirler. Başta bunun aptalca bir söylenti olduğunu düşünerek görmezden gelseler de ikili çok geçmeden hayaletlerin gerçek olduğunu ve peşlerinde olduğunu keşfeder. Gakkou no Kaidan bu kardeşlerin ve yeni tanıştıkları arkadaşlarının, kedilerinin de yardımıyla, okuldaki hayaletlerden kurtulmaya çalışma hikayesidir.