Edo döneminin sonlarında “Amando” adlı zalim uzaylıların Dünya’yı istilası başlar ve dünyalılar ile uzaylılar arasında bir savaş kopar. Savaş sırasında birçok samuray hayatını kaybeder. Sonunda dünyalılar uzaylıların silahlarına yenik düşer ve teslim olurlar. Bu andan itibaren istediklerini yapmaya başlayan ve Edo şehrinde diledikleri gibi davranmaya başlayan Amando’lar yetmezmiş gibi hükümet geride kalan samurayların kılıç taşımasını yasaklar.

Aradan uzun zaman geçer. İşte Sakata Gintoki, artık samuraylara ihtiyaç duyulmayan böyle bir dönemde yaşayan bir samuraydır. Güçlü bir uzaylı olan Kagura ve bir nevi öğrencisi olan Shinpachi ile yaşayan Gintoki, Dünya’yı daha katlanılır bir yer kılabilmek ve kiralarını ödeyebilmek için kendilerine gelen birbirinden garip görevleri üstlenirler.