ID: Invaded’in sanal dünyası, yüzen evler, toprak yığınlarıyla çarpışan ve kaybolan yapılarla doludur. Dedektif Kaido; kendini bu sanal dünyada, bıçaklanarak ölen genç kız Kaeru’nun cinayetini aydınlatma görevi içinde bulur. Kısa bir süre sonra; bu yeni dünyanın geleneksel olmayan fizik kurallarının, yalnızca binaları ve yolları etkilemediğini, vücudunda oluşan çeşitli bağlantı kesilmelerinden sonra anlayacaktır.