17 yaşındaki Izumi Shinichi, Tokyo’nun sakin bir mahallesinde annesi ve babasıyla yaşamaktadır. Bir gece Parazitler olarak adlandırılan solucanımsı uzaylılar dünyayı istila edip insanların kulaklarından ya da burunlarından girerek beyinlerinin kontrolünü ele geçirirler. Shinichi uyuduğu sırada bir Parazit kulağından girmeye çalışır. Ama o sırada Shinichi kulaklık taktığı için Parazit başarısız olur ve sağ koluna girerek kolun kontrolünü ele geçirir. Bu Parazit’in adı ise Migi’dir. Shinichi, Migi’nin yukarılara çıkıp beynine ulaşmasına engel olur. Böylece ikisi de kişiliklerini ve akıl sağlıklarını kaybetmezler. İkili diğer Parazitlerle karşılaştıklarında tuhaf durumlarından yararlanır ve hayatta kalabilmek için yavaş yavaş aralarında güçlü bir bağ oluşmaya başlar. Çift, Shinichi’nin insan beyninin hala bozulmamasının üzerine diğer Parazitlere karşı bir mücadele vermeye karar verirler. Shinichi, Migi’den yardım alırken insanları hunharca yiyen Parazitlere karşı savaşmaya kendini mecbur hisseder.