Küçük Jacob (Jake) dedesinin ona bıraktığı ipuçlarını izleyerek gizemli bir adaya gider. Bu adada “Bayan Peregrine’in Tuhaf Çocukları” adında bir evin kalıntılarını bulur. Evin içini gezdikçe evde bulduğu şeylerin inanılmaz güçlere sahip olduğunu keşfeder ve onları kurtarmak ister. Ancak bu düşündüğü kadar kolay olmayacak ve kendini tehlikeye atmasına neden olacaktır.