Film, insanların dünyası ile fantastik yaratıklarla dolu bir dünya arasında sıkışıp kalan Hellboy’un hangi tarafa ait olduğunu bulmak için çabalarken, bir yandan da Kral Arthur zamanında yaşayıp Merlin’in güçlerini çalan kötü büyücü Nimue’nin intikam almak için insanlığa açtığı savaşı durdurma çabasını temel alıyor.