Bu kez Alex, Marty, Melman, Gloria, Kral Julien, Maurice hatta penguenler ile şempanzeler, hep birlikte Madagaskar sahillerinde bir adadadırlar. Ortada aşmaları gereken bir sorun vardır ve bunun için çare arayışına girerler. Penguenler uçak tamirine başlar. Ancak uçağa binince yeterince havada kalma şansları olmaz. Bundan sonrasında da Afrika’da kendilerine benzeyen hayvanlarla birlikte olacaklardır. Tabi ki Central Park’taki evlerinden daha güvende oldukları epeyce şüphelidir.