Başıbozukluk ve bir dizi garip olay, New York City sokaklarını güvensiz bir yer haline getirmiştir. Şehrin Ninja Kaplumbağalar’ın varlığına her zamankinden çok daha fazla ihtiyacı vardır ama Kaplumbağalar’ın durumu da, şehrin düzeninden farksızdır. Raphael, Donatello ve Michelangelo kayıptır ve haklarında hiç bir haber de yoktur. Arkadaşlarını bularak şehrin düzenini sağlamak ve geçmişteki birlikteliklerini yeniden yaratabilmek, artık sadece Leonardo ve Efendi Splinter’ın elindedir. Uzun bir aradan sonra yeniden beyazperde’de olan Ninja Kaplumbağalar, bu kez önceki filmlerin aksine tamamen animasyon teknikleri ile çekildi.