Hikaye akılları karıştıran labirent şeklinde dar su kanalları ve geçitleri olan su üstünde kurulu sihirli bir kentte geçer. Ash, Pikachu ve diğer çete üyeleri bir diğer kurnaz, tehlikeli gangster çetesine karşı savaş verirler. Film, bizi iki yeni cesur Pokemon üyesi, Latias ve Latios ile tanıştırıyor. Bu ikilinin kendilerini icabında insan kılığına sokma yetenekleri ve ruhsal medyum güçleri vardır…