Polonyalı Antonina Żabińska (Jessica Chastain) ve eşi Dr. Jan Żabiński (Johan Heldenbergh) sakin bir hayat sürmekte olan bir çifttir ve Varşova Hayvanat Bahçesi’ni yönetmektedirler. Bahçe Jan’ın sorumluluğunda ve Antonina’nın üstlendiği bakımıyla capcanlı bir yer haline gelmiştir. Ancak 1939 yılında ülkelerini Naziler işgal eder. Savaş alanına dönen ülkede hayvanat bahçesinin raporu da artık Hitler’in görevlendirdiği yeni atanan zoolog Lutz Heck’e (Daniel Brühl) verilecektir. Żabiński’ler kısa sürede Nazilere karşı çalışan bir diriliş ekibiyle birlikte çalışmaya başlar. İşin ucunda artık Varşova gettosuna dönmüş olan yerde yaşayan binlerce can vardır. Antonina bu süreçte kendi canını büyük bir riske atacaktır.