X-MEN Birinci Sınıf, X-Men serilerinin kökenine iniyor ve dünyada çapındaki olayların ardındaki gizemli hikâyeyi açığa çıkarıyor. Mutantlar dünyaya ayak basmadan ve Charles Xavier ile Erik Lehnsherr, Profesör X ve Magneto isimlerini almadan önce, güçlerini henüz keşfeen iki gençtiler. En kötü karakterler olmalarının yanısıra, biribirlerinin en iyi arkadaşıydılar da; diğer Mutantlarla (kimi bildiğimiz, kimi yeni eklenen) işbirliği yapar, nükleer Mahşer’i önlemeye çalışırlardı. Süre zarfında aralarında ölümüze bir düşmanlık yeşerdi ve Magneto’nun Birliği ile Profesör X’in X-Men’i arasında daimi bir savaşa dönüştü…